Depuis sa création, le macLYON est régi par quelques principes simples, le plus décisif étant qu'il est modelé pour être entièrement à la disposition des artistes. Le dialogue initié avec eux dès 1984 a conduit à concevoir une collection qui soit avant tout une collection d'expositions. Le projet "scientifique" a arrêté quelques idées simples : la production d'œuvres, la collection de moments, les œuvres génériques et les rétrovisions.
La production d'œuvres est le soutien qu'apporte le musée aux artistes au moment où ils créent leur œuvre ou la réalisent.
La collection de moments rassemble des œuvres ou des ensembles d'œuvres qui jalonnent un temps singulier dans le travail d'un artiste.
L'œuvre générique, monumentale ou composée de nombreux éléments, vise à faire la synthèse d'un aspect particulier, caractéristique de l'œuvre d'un artiste.
La rétrovision consiste à proposer à l'artiste de créer une pièce spécifique, un ensemble ou un dispositif qui réunit ses œuvres déjà entrées dans la collection dans une cohérence qui n'appartienne qu'à lui.
